FuelEU海运已于2025年1月1日开始适用。它适用于5,000总吨以上、以商业方式运输旅客或货物的船舶，不论船旗，但须遵守第2条的排除情形和特别规定。在这一适用范围内，计算通常涵盖欧盟适用港口之间航程及适用港口内所用能源的100%，以及欧盟适用港口与第三国港口之间航程所用能源的50%。
条例以91.16 gCO₂e/MJ为基准。2025年至2029年上限降低2%，四舍五入后为89.34 gCO₂e/MJ。降幅在2030年变为6%，2035年为14.5%，2040年为31%，2045年为62%，2050年为80%。
每个报告期按照船上所用能源的年度平均全生命周期温室气体强度评估合规情况。计算采用条例规定的方法和因子，所报告数据由认可核查机构核查。商业燃料标签或供应商CI申报不能替代这一流程。
在符合条件时，条例允许结转合规盈余、有限预借未来合规盈余，以及船舶之间进行池化。合规池的总余额必须为正；分配不能使原本存在缺口的船舶缺口进一步扩大，也不能使原本有盈余的船舶变为缺口。这些是受监管的核算灵活机制，不应描述为不受限制的碳信用市场。
完成年度核查并采用任何允许的结转、预借或池化后，剩余缺口将产生按照附件四计算的法定FuelEU罚款。连续出现缺口会提高罚款乘数。实际结果取决于经核查的能源使用量、因子、适用范围和有效灵活机制，不能仅凭燃料标价或单个CI数值确定。
采购时，应收集燃料路径、原料、从井到罐与从罐到尾流因子、LCV、数量、适用时的可持续性证明，以及核查机构所需证据。Verdaxis工具可以比较申报输入并建立规划情景，但不会生成官方FuelEU报告，也不会判定船舶是否在法律上合规。